Els òrgans superiors de direcció del Servei de Salut són el Consell de Direcció i la Direcció General. Depenent de la Direcció General i dins de l'estructura dels Serveis Corporatius són òrgans de direcció la Direcció d'Assistència Sanitària, la Direcció de Gestió i Pressupostos, la Direcció de Recursos Humans i la Direcció de Coordinació Administrativa.
Els òrgans de gestió del Servei de Salut de les Illes Balears són la resta d'unitats, que depenen orgànicament i funcionalment d'algun dels anteriors òrgans superiors de direcció, i actuen sota la seva direcció.
Els òrgans de consulta i participació són figures de comunicació i participació entre el Servei de Salut de les Illes Balears i les institucions o els representants de la població a la qual dona assistència, apropant la sanitat i la salut a la societat.