Los órganos superiores de dirección del Servicio de Salud son el Consejo de Dirección y la Dirección General. Dependiendo de la Dirección General y dentro de la estructura de los Servicios Corporativos son órganos de dirección la Dirección de Asistencia Sanitaria, la Dirección de Gestión y Presupuestos, la Dirección de Recursos Humanos y la Dirección de Coordinación Administrativa.
Son órganos de gestión el resto de los órganos del Servicio de Salud que dependan orgánicamente y funcionalmente de un órgano directivo. Los órganos de gestión del Servicio de Salud se adscriben territorialmente a los Servicios Corporativos o bien a las gerencias territoriales.
Los órganos de consulta y participación son figuras de comunicación y participación entre el Servicio de Salud de las Islas Baleares y las instituciones o los representantes de la población a la que presta asistencia, para acercar la sanidad y la salud a la población.