Los órganos superiores de dirección del Servicio de Salud son el Consejo de Dirección y la Dirección General. Dependiendo de la Dirección General y dentro de la estructura de los Servicios Corporativos son órganos de dirección la Dirección de Asistencia Sanitaria, la Dirección de Gestión y Presupuestos, la Dirección de Recursos Humanos y la Dirección de Coordinación Administrativa.