El Consell de Direcció és l’òrgan col·legiat de govern del Servei de Salut, la composició i l’estructura del qual es determinen en la Llei 5/2003, de 4 d’abril, i en els Estatuts del Servei de Salut, d’acord amb la Llei 7/2010, de 21 de juliol, del sector públic instrumental de la Comunitat Autònoma de les Illes Balears. Els òrgans superiors de direcció del Servei de Salut són el Consell de Direcció, la Direcció General i la Secretaria General.
La Presidència l'exerceix la persona titular de la conselleria competent en matèria de salut.
Presidenta: Manuela García Romero