Les coordinacions autonòmiques són estructures funcionals encarregades de la gestió de projectes corporatius que afecten tota l'estructura dependent del Servei de Salut o bé de programes de caràcter transversal. Són programes transversals aquells que miren de donar resposta a necessitats on és imprescinible la combinació de recursos de diversos àmbits assistencials (atenció primària, atenció especialitzada, atenció intermitja) i també quan els recursos sanitaris s'han de complementar amb els d'altres sectors com educació o benestar social.