Las coordinaciones autonómicas son estructuras funcionales encargadas de la gestión de proyectos corporativos que afectan a toda la estructura dependiente del Servicio de Salud, o bien de programas de carácter transversal. Son programas transversales aquellos que tratan de dar respuesta a necesidades en los que es imprescindible la combinación de recursos de diversos ámbitos asistenciales (atención primaria, atención especializada, atención intermedia) y también cuando los recursos sanitarios se deben complementar con los de otros sectores como educación o bienestar social.